Politeknik AKA Bogor didirikan pada tanggal 8 Oktober 1959 dengan nama Akademi Analis berdasarkan Surat Keputusan Menteri Muda Perindustrian Rakjat Nomor 1060/S.D./1959 dengan tujuan menyelenggarakan program Sarjana Muda untuk menyediakan analis tingkat akademi yang diperlukan oleh Balai Penelitian Kimia Bogor (sekarang Balai Besar Standardisasi dan Pelayanan Jasa Industri Agro). Pada tahun 1964, Akademi Analis diubah dengan Surat Keputusan Menteri Perindustrian Rakjat Nomor 597/PMR/64 tanggal 29 September 1964 menjadi Akademi Kimia Analisis Bogor. Penyelenggaraan pendidikan profesional program Diploma III Jurusan Analisis Kimia mulai diberikan di AKA di tahuun 1981 berdasarkan SKB Menteri Perindustrian No. 278/M/SK/6/81 dengan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0186/O/1981.
Pada tahun 2008, AKA menjadi satuan kerja yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK BLU) berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan No.168/KMK.05/2008. Pada tahun 2013, untuk memberikan Uji Kompetensi kepada mahasiswa Politeknik AKA dibentuklah Lembaga Sertifikasi Profesi Pihak Pertama (LSP-P1) dengan 3 (tiga) skema awal: Gravimetri, Volumetri, dan Gas Chromatography (GC).
Perubahan Akademi Kimia Analisis Bogor menjadi Politeknik AKA Bogor berdasarkan pada Surat Keputusan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi Republik Indonesia Nomor B/5782/M.PAN-RB/12 2014 tanggal 30 Desember 2014 dan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 496/E/O/2014. Hal tersebut juga diperkuat oleh Surat Keputusan Menteri Perindustrian Republik Indonesia Nomor 04/M-IND/PER/1/2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik AKA Bogor yang menjadikan Politeknik AKA Bogor dapat membuka 2 (dua) program studi tambahan yaitu D-III Penjaminan Mutu Industri Pangan (PMIP) dan D-III Pengolahan Limbah Industri (PLI). Pada tahun 2021 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor 105/D/OT/2021, Politeknik membuka 1 (satu) program studi baru yaitu D-IV Nanoteknologi Pangan sehingga saat ini jumlah program studi di Politeknik AKA Bogor menjadi 4 (empat).